مقام‌های محلی و اعضای شورای ولایتی بدخشان می‌گویند که فعالیت‌ گروه‌های تروریستی در این ولایت در مقایسه به سال‌های گذشته افزایش یافته است و این خطر وجود دارد که بدخشان به پایگاه تروریستان خارجی و بین‌المللی تبدیل شود. به گفتۀ آنان، خرده گروه‌های تروریستی خارجی در همکاری و هماهنگی با گروه‌های تروریستی بین‌المللی مانند داعش و القاعده در همۀ ناامنی‌های بدخشان دست دارند و بخش بزرگی از  نبردها و ناآرامی‌های این ولایت را مدیریت و رهبری می‌کنند.

نیک‌محمد نظری، سخنگوی والی بدخشان می‌گوید که هم‌اکنون سه گروهی از جنگ‌جویان تروریستی خارجی که شامل انصارالله تاجیکستان، تحریک اسلامی اوزبیکستان و جنبش اسلامی ترکستان شرقی می‌باشند که زیر فرمان حاجی فرقان، ازبیکستانی الاصل با تابعیت آیغورهای چین در ولسوالی‌های جرم، وردوج و راغستان این ولایت مصروف فعالیت‌های تروریستی هستند.

به گفتۀ آقای نظری، افراد مربوط به شبکۀ القاعده و داعش در بسیاری از نبردهای بدخشان دست دارند و جنگ‌جویان مربوط به گروه طالبان نیز زیر نظر این گروه‌ها فعالیت دارند. سخن‌گوی والی بدخشان می‌افزاید که  طالبان داخلی با آن‌ که در موافقت‌نامۀ صلح با ایالات متحدۀ امریکا بر قطع رابطۀشان با گروه‌های تروریستی دیگر تعهد کرده‌اند، اما این گروه در بدخشان همۀ برنامه‌های جنگی‌شان را با حمایت تروریستان خارجی عملی می‌کنند. به گفتۀ او، این گروه‌های تروریستی با حمایت و همکاری طالبان داخلی در این مناطق پایگاه ساخته‌اند و در تلاش‌اند که جغرافیای جنگی‌شان را به ولایت‌های شمال‌شرقی افغانستان و کشورهای هم‌مرز با افغانستان از این ولایت توسعه دهند.

همچنان بشیر صمیم، رییس شورای ولایتی بدخشان می‌گوید که گروه‌های تروریستی بین‌المللی در تلاش هستند که از بدخشان به عنوان عمده‌ترین پایگاه نظامی جهت توسعۀ جغرافیای جنگی‌شان به شمال افغانستان و آسیای میانه استفاده کنند. به سخن آقای صمیم، هم‌اکنون صدها خانوادۀ جنگ‌جویان خارجی در ولسوالی جرم بدخشان خانه‌های رهایشی مردم را به زور تصاحب کرده‌اند و با اعضای خانوادۀشان در منطقۀ خستک ولسوالی جرم این ولایت مسکن گزیده‌اند.

رییس شورای ولایتی بدخشان می‌افزاید که هم‌مرز بودن بدخشان با کشورهای پاکستان، چین، تاجیکستان و ولایت‌های نورستان، تخار و پنجشیر در محراق توجه تروریستان بین‌المللی قرار گرفته است و در صورت عدم توجه حکومت مرکزی به تصفیۀ بدخشان از وجود جنگ‌جویان خارجی، این ولایت به پایگاه تروریسم بین‌المللی تبدیل می‌شود.

عبدالله ناجی نظری، عضو دیگر شورای ولایتی بدخشان می‌گوید که نزدیک به چهارصد تن از جنگ‌جویان خارجی در قسمت‌های بالایی ولسوالی وردوج، «درۀ خستک» در ولسوالی جرم و ولسوالی راغستان این ولایت حضور دارند که افزون بر مدیریت ناامنی‌های بدخشان از معادن این ولایت به ویژه معدن طلا در ولسوالی راغستان سود می‌برند. این عضو شورای ولایتی بدخشان، توضیح می‌دهد که حضور جنگ‌جویان خارجی در این ولایت با توجه به راه‌های دشوارگذز و جغرافیای کوهستانی و هم‌مرزی که با کشورهای چین، تاجیکستان و پاکستان دارد، میزان خطرپذیری و تبدیل شدن این ولایت به پایگاه تروریستان خارجی را بیش از هر زمان دیگر افزایش داده است.

آقای نظری می‌افزاید که گروه طالبان بر تعهدات خود مبنی بر قطع ارتباط‌شان با شبکه‌های تروریستی خارجی پایبند نمانده‌اند و ادامۀ این وضعیت روند صلح افغانستان را با خطر روبه‌رو می‌سازد. زیرا به گفتۀ او، گروه‌های تروریستی خارجی مأموریت جهانی دارند و صلح افغانستان برای آنان اهمیت ندارد.

با این حال، جواد میریان، یکی از فعالان مدنی در بدخشان می‌گوید که بی‌تفاوتی حکومت نسبت به حضور جنگ‌جویان خارجی در نخستین سال‌های هسته‌گزاری این گروه‌ها در این ولایت سبب شده است که بدخشان به پایگاه نظامی تروریستان خارجی بدل شود .آقای میریان می‌افزاید که جنگ‌جویان خارجی مانند داعش، القاعده، انصارالله تاجیکستان و جنبش اسلامی ترکستان شرقی بر بخش‌هایی از مناطق استراتژیک بدخشان و عمدتاً هم‌مرز با کشورهای همسایۀ افغانستان فعالیت دارند که تهدیدی بر ولایت‌های شمال، شمال‌شرق و حتا کشورهای آسیای میانه به شمار می‌روند.

به سخن آقای میریان، گروه طالبان از آغاز امضای موافقت‌نامۀ صلح با ایالات متحدۀ امریکا تا امروز به هیچ یکی از تعهدات‌شان عمل نکرده‌اند و با افزایش خشونت‌ها و برقراری ارتباط وسیع با شبکه‌های تروریستی و جنگ‌جویان خارجی آتش خشونت و جنگ را هر روز بیش از پیش شعله‌ور می‌سازند.

گزارش سازمان ملل متحد از حضور 12 گروهی از جنگ‌جویان خارجی در کشور حکایت دارد و بر اساس این گزارش، گروه طالبان هنوزهم با شبکه‌‎های تروریستی در ارتباط است و این خطر نیز وجود دارد که در پی تسریع روند گفت‌وگوهای صلح در افغانستان، شبکه‌های القاعده و داعش نیز از ولایت‌های شرقی به شمال‌شرق افغانستان به ویژه بدخشان تغیر مسیر بدهند و در این ولایت پایگاه‌ برگزینند.

بر بنیاد موافقت‌نامۀ صلح میان ایالات متحدۀ امریکا و گروه طالبان که در دهم حوت پارسال در قطر به امضا رسید، قرار بود گروه طالبان در برابر خروج سربازان امریکایی از افغانستان رابطۀ خود را با شبکه‌های تروریستی دیگر به ویژه القاعده و داعش قطع کند و افزون بر تضمین امنیت امریکا و متحدانش، برای آغاز گفت‌وگوهای مستقیم با هیأت مذاکره‌کنندۀ دولت افغانستان خشونت‌ها را کاهش دهند؛ اقدامی که تاکنون از سوی طالبان صورت نگرفته است.